Ewangelia św. Jana tylko dwa razy wprost wspomina św. Józefa. Filip mówi do Natanaela: „Znaleźliśmy Tego, o którym pisał Mojżesz w Prawie i Prorocy – Jezusa, syna Józefa z Nazaretu” (J 1,45). Z kolei w mowie eucharystycznej słuchacze Jezusa pytają: „Czyż to nie jest Jezus, syn Józefa, którego ojca i matkę my znamy?” (J 6,42). Te dwa wersety pokazują, że w powszechnym odbiorze Jezus był rzeczywiście związany z domem Józefa, a jego ojcostwo, choć nie biologiczne, miało realny wymiar rodzinny, społeczny i prawny.
W J 1,45 określenie „syn Józefa” wpisuje Jezusa w konkretną historię i rzeczywistość Izraela, w dom, rodzinę i dziedzictwo, z którego wyrasta Jego ziemskie życie. Św. Jan Chryzostom zauważał, że Filip nazwał Go synem Józefa, „bo tak właśnie był uważany”. To krótkie objaśnienie dobrze pokazuje logikę ewangelicznego przekazu, Józef pozostaje w cieniu, ale jego obecność jest trwałym elementem ludzkiej tożsamości Jezusa.
Widać to też w J 6,42. Słuchacze Jezusa znają Jego pochodzenie „według ciała”, i właśnie to staje się dla nich przeszkodą w przyjęciu objawienia. Wiedzą, kim jest Jego matka i za czyjego syna uchodzi, ale nie potrafią rozpoznać w Nim Tego, który „zstąpił z nieba”. Benedykt XVI komentował, że zatrzymali się na Jego ziemskim pochodzeniu i dlatego nie otworzyli się na głębszą prawdę o Jego Osobie. W tym sensie wzmianka o Józefie w Ewangelii św. Jana pokazuje napięcia między tym, co widzialne, a tym, co objawione przez Boga.
Ewangelia św. Jana pokazuje, jak ważne miejsce zajmuje św. Józef w biblijnym ziemskiej historii Jezusa. To dzięki niemu Syn Boży wszedł w historię konkretnej rodziny, konkretnego domu i konkretnego ludu. Józef pozostaje w cieniu, ale właśnie tak odsłania się jedna z ważnych prawd Ewangelii: Bóg objawia się w sercu ludzkiej historii.
